转基因检测既是对转入的特定基因进行检测，通过引物将特定的启动子和终止子合成，并在之后检测中表现出来，所使用的方法通常是凝胶PCR、RTPCR、LAMP、NASBA等等 　　(1)定性PCR技术在DNA的提取中，要为上述的启动子和终止子外源基因配备引物，通过有效的仪器对待检测的转基因食品的NDA进行适当的扩增。判定的依据就是有无特长度和序列的DNA序列和片段。例如Tung在检测转基因食品中的启动子CaMV35S时用到PCR检测技术；HUANG等在检测乳酸中的转基因成分时用到巢式PCR检测技术；王保珍（哈尔滨医科大学）研制出了用于转基因食品的定性检测中的电化学传感器；朱德斌在检测CaMV35S启动子是使用电化学发光的PCR检测技术；PCR定性转基因检测技术具有敏感性高的特点，但是会出现一些假性的现象：a模板的影响因素：如反应中提取的脱氧核糖核酸在抑制因子和产品深加工核酸时造成破坏都会造成假阴性反应；b当作物被花椰菜花叶病毒感染和拥有35S的启动子或因农杆菌感染而带有终止子nos时，PCR呈现出假阳性反应；c在运输过程中或者是收获的时候，或转基因食品在和非转基因食品的产生交叉污染时，也可以使测试结果不准确。　　(2)定量PCR技术许多国家在食品转基因成分含量有严格要求，因此定量检测是十分的必要的。定量聚合酶链反应检测技术是为根据参考物为标准进行的检测，分析PRC的最终产物或者是过程的监测，进一步的评价转基因食品中样品的靶基因的拷贝数量。用于检测转基因食品定量聚合酶链反应通常用的是：半定量聚合酶链反应，实时荧光定量聚合酶链反应和多重定量聚合酶链反应技术。如Hardegger用竞争性定量聚合酶链反应检测的35S的启动子和终止的；王燕梅和kuribaraH用实时聚合酶链反应检测荧光定量相玉米片中的转基因成分；Garcia-canas等用毛细管凝胶电泳分析和鉴定转基因成分的产品的方法进行检测。竞争性的PRC也是一种终点型的测试，测试过程的第一步骤为先构建包含修改过的内部标准DNA片段（竞争脱氧核糖核酸），并检测核酸扩增片段共同进行扩增，因为竞争DNA和待检测的在大小上存在显著的差异，在琼脂糖凝胶电泳的作用下可以将它们分开，结束产品的相对数量和启动量额是成正比的，它可用于定量检测的实施。竞争性的PRC检测的弱点是风险更大的污染PRC。实时定量的聚合酶链反应检测显着较高的灵敏度比竞争性的聚合酶链反应(PRC)，它可以检测样品中含有2微克（每克转基因）的基因数量，不管是处理过的还是加工过的和混合样品都能进行测试检测。此外，实时荧光(PRC)聚合酶链反应是使用的闭管荧光分析，不需电泳反应的后续的处理步骤，可有效消除检测中的核酸交叉污染。多重定量(PRC)聚合酶链反应在同一反应体系中，可以同时为两个或更多的转基因片段的进行检测，可以提高效率，节省资金，但这种方法的难度却较大。　　(3)印迹法

不管是确定外源基因的Southem印迹方法或是确定印迹核糖核酸的Northern印迹方法，基本过程的待测程序都是将待检测的核酸段是转移到一个特定部分的固相的支持物上，并进一步的结合到固相支持物上，然后使用核酸探针事前标记过的，检测将要检测的核酸。如周学荣和李建粤等使用Southern印迹方法检测转基因水稻以及转基因油菜作物；黄晓等用Northern印迹法检测转基因烟草表达中的番茄花叶病毒移动蛋白。这种印迹方具有是快速方便和易于操作，在同时间可以对多个优势样品进行测试，但由于对测试样品之前，不能对样品进行扩增放大，使检测灵敏度较低。

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