多采用RAPD标记是茶树品种基因多样性研究，有助于研究茶树后代繁殖情况。采用RAPD标记研究葡萄牙茶树品种后代与取自肯尼亚和日本种质资源库茶树品种的基因相似性。葡萄牙茶树品种后代可归类为中国变种、阿萨姆变种和尖萼亚种。在试验的118个随机引种种，25个能产生信息丰富、重现性和多态性好的谱带。利用这25个引物对71个葡萄牙茶树品种后代进行了DNA扩增，结果获得282条谱带，其中195条是多态性的。用夏农歧异度指数计算的表型频率估计不同茶树的基因多样性，发现茶树群体，包括葡萄牙茶树品种有相当明显的基因变异性。基于jaccard系数的UPGMA聚类分析有可能将葡萄牙茶树品种从其另外的后代中区别出来。RAPD标记能将3种茶树变种区别开来，还能区分台湾的野生茶树品种和栽培品种。另外，每一种茶树类型或亚类的形成与其地理分布有关。可见，RAPD标记是茶树品种基因多样性研究，以及根据品种分类和地理分布区分茶树后代的一种好方法。

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